风险投资商的投资金额决定了互联网发展速度的脚步，因此，网络公司一般都会将投资者看做是衣食父母，可马云却宣称，客户才是阿里巴巴的父母，投资者只是“娘舅”。马云认为，正是有那么多会员支持，才有阿里巴巴的成功，所以客户永远是第一位的。
2005年的时分，马云曾公布，今天已经不是资本主导的时期了，资本永远应当听从企业操作者的。2007年，马云在回答“如何处理公司控制权”的问题时再一次强调：
投资者可以炒我们，我们当然也可以换投资者，这个世界上投资者多得很。关于这个问题，我希望给中国所有的创业者一个声响，投资者是跟着优秀的企业家走的，企业家不能跟着投资者走。所以，即使我只有百分之几的股权，以至我只有一股或者是两股，我觉得这个公司我还是可以影响的。
马云曾经告诉媒体，他和投资者的关系处理得特别好，阿里巴巴的股东大会也是越开越短。
曾经有人问软银跟阿里巴巴的关系怎么样，孙正义是否控制得了马云，马云说如果他会受到孙正义控制的话，那他就不是马云了。其实孙正义在阿里巴巴的股份是很少的，他也一直没想过控制马云。
同样，在阿里巴巴收购雅虎中国时，雅虎以10亿美元入主阿里巴巴，占有阿里巴巴40%的股份以后，阿里巴巴依然没有被控股。这是因为阿里巴巴已经做好了充足的准备，创立了一套新的模式。
阿里巴巴收购了雅虎，雅虎又在阿里巴巴的总部占40%的股份、35%的投票权。这个想法是阿里巴巴自己独创的，华尔街没有这样的模式，全世界也没有听说可以这样收购的。马云之所以这么做，是因为电子商务在中国的发展必须有搜索引擎这样的工具，他们考察了大批搜索引擎后发现只有雅虎合适。
于是阿里巴巴收购雅虎中国，而雅虎在阿里巴巴总部必须拥有一些股份，但是这个股份不能控股阿里巴巴，也不能操纵阿里巴巴。因为从阿里巴巴这个公司成立的第一天起，他们的任务是使阿里巴巴成为在中国诞生并由中国人创办的全球性公司。因为这个任务，阿里巴巴股份控制的结构必须改变，马云不会让任何人控制这家公司。这家公司是中国人在市场经济下创办，并在全世界发展的。
马云说：“我们的结构特别巧妙。整个收购获得雅虎投入的全世界看起来不可思议的10亿美元，雅虎所有的资产、所有的品牌和技术折价为7亿美元，这是世界上去年最大的收购案。我们没有聘用顾问公司，因为我们不相信顾问公司，这些公司说的、写的全都对，干起来全是错的。我们也没有请投资银行，我们觉得对就做下去，做一切对的事情，如果加上投资银行这个事情会变得很复杂，所以我们快速地做了这个决定。”
